Могу порекомендовать на
сайте адоба посмотреть описание ApplicationDomain, там внизу есть пример - как раз под ваш случай
Т.е. не использовать один Loader для всех файлов, а для каждого создать отдельный класс - и по требованию дергать нужный класс из загруженного объекта.
Ну или попробовать записывать в массив объекты, возвращаемые методом contentLoaderInfo класса Loader.