А что по вашему происходит, когда вы выставляете свойства публикации? Настраивается HTML-код вставки.
Это все десятки раз обсуждалось. Например, см.
http://www.flasher.ru/forum/showthread.php?t=144190
А правильнее вставлять флешку на страницу с помощью SWFObject:
http://www.flasher.ru/forum/showthread.php?t=137196 Тогда здесь у вас параметр transparent должен быть, а не opaque.