[DarkLight]

Если набор модулей конечен, то можно включить их в качестве набора отдельных файлов в приложение, и потом подкачивать те, которые нужны из File.applicationDirectory. В этом случае не будет вопросов по политике безопасности и т п.
Если нужно выкачивать из интернета, то желательно весь AIR-функционал вшить в приложение, чтобы модули к нему обращались. Далее, опять же, никаких проблем. Более того, модули правильно будет кешировать и складировать в File.applicationStorageDirectory, чтобы экономить трафик пользователя.