
Код:
table skills
-------------------------------------------------
sid - id навыка
title - название
period1 -сколько развивать до уровня 1
period2 -сколько развивать до уровня 2
period3 -сколько развивать до уровня 3

Код:
user_skills_progress
-------------------------------------------------
uid - id пользователя*
sid - id навыка*
tolevel - до какого уровня качаем
time - timestamp начала прокачки
*первые два поля — составной ключ
вот ты и сохранил для всех пользователей все их навыки, которые они в данный момент качают. по факту достижения уровня конкретного навыка потираешь запись о нем в user_skills_progress и делаешь запись в таблице user_skills

Код:
user_skills
-------------------------------------------------
uid - id пользователя*
sid - id навыка*
level - текущий уровень навыка
time - timestamp окончания прокачки (на усмотрение)
*первые два поля — составной ключ