[Котяра]

Для этого и придумали ООП.
Большие проекты я начинаю с разработки в XMind`e или на листочке архитектуры проекта.
Каждую часть стараюсь делать как можно более независимой и инкапсулированной. Сходу продумать архитектуру сложно, особенно если полные требования неизвестны и поэтому лучше проявить излишнюю расширяемость.(лучше перебдеть чем недобдеть)
Модули общаются между собой либо событиями либо по описанному интерфейсу - прямых вызовов стараюсь избегать.
Кроме архитектуры - важны конвенции кодирования и контроль версий.
Я придерживаюсь стандартных конвенций и использую svn.
И ещё - я очень ленивый и перед тем как что-нибудь писать, ищу: а не написано ли это до меня.