В папервизионе не шарю, однако
>>есть модель состоящая из нескольких частей. Некоторые части видны сквозь модель, хотя располагаются дальше.
Это и есть z сортировка, визуально и правильно если мыслить логически, что эти некоторые части не должны быть видны, однако математически координаты z грани сложенные и поделенные на число вершин будут именно так как папервизион их и рисует. Выход: делать специальную модель, так что-бы такого в принципе не могло случиться, это может быть модель состаящая из полигонов примерно одинаковой площадью. Если в модели будет один большой полигон и куча маленьких, то большой полигон перекроет маленькие когда это не нужно.
Еще есть сортировка BSP деревьями, тормозить будет еще больше, поскольку прожка должна расчитать BSP дерево, но будет четко, BSP сортировка режет полигоны на куски, там где они визуально пересекаются, от этого еще большие тормоза. В папервизионе как наиболее отсталой и заброшенной либе BSP сортировка не реализована, она есть в альтернативе3Д, и еще тоже заброшенный, ныне away3D
http://derschmale.com/demo/wick3d/bsp/Wick3dBSP.html
http://code.google.com/p/wick3d/downloads/list