Флешка не запустится до полной загрузки при использовании MCL.
Как только она загрузится, с нею будет происходить все то, что предусмотрено ее сценарием.
Если в ее первом кадре стоит stop(), то она так и
останется на первом кадре.
Если в ней не стоит stop() на первом кадре, то она
начнет проигрываться сразу после загрузки.
Если вам нужно, чтобы она была
принудительно остановлена после загрузки, даже если в ней не прописан stop() в первом кадре, сделайте это явно в коде ее загрузки:

Код AS1/AS2:
var mcl:MovieClipLoader = new MovieClipLoader();
mcl.addListener(this);
this.onLoadInit = function(target_mc:MovieClip)
{
target_mc.stop(); //остановили в первом кадре
} ;
this.createEmptyMovieClip('cont', 0);
mcl.loadClip('anim.swf', cont);