[Korablev]

При экспорте в .avi прозрачный фон сохранить можно, но только если сохранять в .avi без сжатия.
Затем с помощью утилиты Adobe Flash Video Encoder жмем файл в .flv с отмеченным флажком "Encode alpha channel" и можно ролик использовать во флешке.