Обnullить вот так: arr[5] = null. Тогда ссылка на мувиклип пропадет, клип будет доступен сборке мусора. В вашей ситуации, когда нужно постоянно менять клипы и они не одноразовые, лучше каждый раз создавать новый экземпляр класса Mc1, Mc2, ..., McN, перед этим удалять все ссылки на клип предыдущий. Это как я бы сделал.
А, или сделать вот так:
Код AS3:
private var arr:Array = new Array(Mc1, Mc2, ..., McN);
Это лишь ссылки на классы клипов. А создавать объекты так:
Код AS3:
var mc1:MovieClip = new arr[0]; // создастся Mc1
removeChild(mc1);
mc1 = null;