1. случайно. что-то врало и мы не могли понять что. предположили самое невероятное и написали тест, который показывал разницу Date и getTimer. их дельта не уклонима росла со временем.
2. на всех компах была разная
3. да
с тех пор вместо
flash.utils.getTimer для синхронизации используется такой такой неказистый код:

Код AS3:
package blooddy.utils {
/**
* @author BlooDHounD
* @version 1.0
* @playerversion Flash 10
* @langversion 3.0
*/
public function getTimer():Number {
return ( new Date() ).getTime() - startTime;
}
}
import flash.utils.getTimer;
/**
* @private
*/
internal const startTime:Number = ( new Date() ).getTime() - flash.utils.getTimer()