при такой вставке ты пытаешься изменить значение, когда флешка уже на сцене. А она принимает flashvars только один раз при инициализации. Что нужно? Возможно тебе нужен ExternalInterface, возможно можно обойтись js-библиотекой для вставки flash на страницу. Например, swfobject, там удобный синтаксис для вставки flashvars:
Код:
script type="text/javascript">
var flashvars = {"strictChannels":"0"};
var params = {bgcolor: "#E6EAEF"};
swfobject.embedSWF("http://www.ct.fm/ctfmaudioplayer/ctfmaudioplayer.swf", "PubTalkPlayer", "242", "124", "9.0.0", "http://www.ct.fm/ctfmaudioplayer/expressInstall.swf", flashvars, params);
</script>