В BitmapData#copyPixels(), есть опциональные параметры:
Код:
..., [alphaBitmap:BitmapData], [alphaPoint:Point], [mergeAlpha:Boolean])
Копируйте кусок исходного изображение по прямоугольной области маски в обрезанное изображение, и в опциональных параметрах указывайте битмапдату своей маски в качестве alphaBitmap.
Также copyChannel() можно альфа-канал скопировать.