[Gaen]

Я думаю, что вы занимаетесь не тем, ибо прототипирование - это пережитки AS1, а в AS3 все визуальные объекты создаются по-нормальному, а не клонированием. Именно потому, что попытка клонирования вызывает проблемы, которые вы здесь описываете.