Зависит от версии, и сколько хип / стек памятит есть у JVM, может быть так, что флешка получается очень большая и поэтому не кешируется, а может там флекс сам чего-то дописывает, он тоже любит иногда, особенно при эмбеде других SWF дописать, типа имя классу по-новой сгенерить или еще что-нибудь в том же духе. Я бы в первую очередь попробовал увеличхить heap memory компилятору, но если не сработает - скорее всего просто баг.
http://www.caucho.com/resin-3.0/perf...jvm-tuning.xtp