Flash IDE использует практически тот же ASC (ActionScript Compiler), что и в Flex SDK. Единственная разница в оболочке (урезаный команд-лайн интерфейс + очевидно какие-то добавки для работы с линкером). Медленный это скорее всего линкер и особенно транскодер флешевой графики, ну и видео транскодер, я тоже так думаю не быстрый
FCSH (или как утверждает автор FCSh) - это шелл (приложение которое запускает и следит за выполнением другого приложения). FCSH может запускать MXMLC, COMPC и ASC. Вобщем, грубо говоря, вся его задача сводится к кешированию результатов предыдущей компиляции.
А, есть еще флешевый компилятор который написали SWFTools
http://wiki.swftools.org/index.php/As3compile
Чесно говоря, ни разу не пользовался, надо будет как-нибудь попробовать. И есть еще куча мелких проектов которые умеют компилировать каки-нибудь части AS3, но до полноценных компиляторов не дотягивают. Есть у hurlant компилятор написаный на AS3, есть SWFMill и им подобные которые чуть-чуть чего-то умеют. Есть на HaXe библиотечка format.abc - тоже, по сути заготовка к компилятору.
Во времена AS2 был еще FLASC компилятор, но как-то не довелось им воспользоваться, ну и была куча програм в той или иной степени умеющих генерить SWF, восновном графику.
А еще в AS2 была хорошая штука FLASM - диссасемблер SWF ну и собирать обратно тоже мог, но только из своих файлов. С его помощью некоторые ухитрялись немного подоптимизировать циклы и еще какие-то вещи, но, восновном, ценность его была в том, что можно было посмотреть, как и что работает.