[Hauts]

Если нужно, чтобы альфились все вложенные мувиклипы, и, при этом, с одинаковым значением прозрачности, то рационально менять прозрачность их контейнеру.

Если нужно вложенным клипам менять прозрачность независимо друг от друга, то необходимо обращаться по их instance name или ссылке. Например так:

bob.onRollOver = fncOver;
bob.onRollOut = fncOut;
 
function fncOver(){
	this.innerMovieClip_1._alpha = 50;
	this.innerMovieClip_2._alpha = 10;
}
 
function fncOut(){
	this.innerMovieClip_1._alpha = 100;
	this.innerMovieClip_2._alpha = 50;
}

Разве в вашем коде прозрачность применяется к вложенным мувиклипам?