Попробуйте такой способ. Проще ничего не придумал.

Код AS1/AS2:
import flash.display.BitmapData;
import flash.geom.Rectangle;
import flash.geom.Point;
// вырезка одного пазла.
// исходное изображение
var image:BitmapData = BitmapData.loadBitmap("image");
// карта пазлов, каждый из которых имеет уникальный цвет
var map:BitmapData = BitmapData.loadBitmap("map");
// текущий цвет пазла в карте
var currentPuzzleColor:Number = 0xFFFF6633;
// определяем границы текущего цвета
var puzzleBounds:Rectangle = map.getColorBoundsRect(0xFFFFFFFF, currentPuzzleColor, true);
// создаем битмапдату по размерам цвета
var croppedImage:BitmapData = new BitmapData(puzzleBounds.width, puzzleBounds.height, true, 0xFFFFFFFF);
// копируем кусок исходного изображения в границах цвета
croppedImage.copyPixels(image, puzzleBounds, new Point(0, 0));
// устанавливаем всем пикселям не равным текущему цвету — 0x00000000
croppedImage.threshold(map, puzzleBounds,
new Point(0, 0), "!=", currentPuzzleColor, 0x00000000, 0xFFFFFFFF);
var imageContainer:MovieClip = createEmptyMovieClip("imageContainer", 0);
imageContainer.attachBitmap(croppedImage, 0);