Ну у меня дома на моем тестовом сервере(win7, apache) тут
Код:
C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 6.0\webapps
На рабочем стоит Debian, и доступа ко всей файловой системе не имею, только к папке томката, и на нем я тоже crossdomain.xml ложил в ROOT.
Вы обращаетесь к контейнеру сервлетов Tomcat, и он лучше знает где искать файлы политик безопасности. Возможно у вас какие то определенные настройки сервера, либо что то не то написано в web.xml. Спросите на
javatalks.ru, там быстрее ответят.