Отрисовка в отдельный объект может пригодится, если захотите сделать функционал по изменению масштаба графика по любым осям...
И потом, вам же надо как-то определять наведение на эту точку?... хранить координаты и сравнивать с координатами мыши с допусками?

... Или же рисовать все в графикс родителя, и добавлять невидимые спрайты поверх для интреактива с мышью?

... Имхо, лучше отрисовывать все в своем объекте, например, GraphPoint, унаследованным от Sprite (чтобы мышка работала), в котором можно хранить функционал для работы с точкой... Ну а линии, соединяющие точки, рисовать в родителе, там и перерисовать не долго будет при изменениях в положении точек.