если у тебя набор пользователей определен (пользователи в БД или где-то еще записаны) храни табличку вошедших, время входа, время последнего отклика, и вначале каждой страницы изменяешь время отклика... а в кроне хранишь команду(запускается раз в какое-то время), в которой удаляешь из этой временной таблицы тех кто дольше скольки-то минут не присутствует... или например обновляешь флаг...дальше все зависит от того что нужно...
