Проблема в том, что вы пытаетесь перемотать на незагруженный участок. Правильно это делать так - на сервере поставить nginx, и оду из утилит для эмуляции псевдостримминга, перемотка потом должна проходить таким способом
Код AS3:
_ns.play(<flv path>?seek=8493024932)
цифры в конце - байт-абрес ключевого кадра. Оинформация о ключевых кадрах находится в метаданных ролика.