root в подгруженной флешке ссылается на экземпляр документ-класса, лежащий на stage подгруженной флешки. Соответственно, передавать flashvars надо из родительской, либо попробовать вот по такой схеме (код в подгружаемой флешке):

Код AS3:
var flashVars:Object = stage.parent.root.loaderInfo.parameters
- stage подгружаемой
- parent дает нам контейнер родительской, в который мы добавили подгружаемую
- root дает нам root родительской
- читаем flashVars =)
И обязательно учтите то, что сказал GAIKER