Нашёл решение проблемы:
Код AS3:
fl.getDocumentDOM().selectAll();
fl.getDocumentDOM().union();
var fillB = fl.getDocumentDOM().getCustomFill();
fillB.style = "solid";
fillB.color = 0x00FF33;
fl.getDocumentDOM().setCustomFill(fillB);
Вообщем надо сначала объединить в группу нарисованный объект, а потом применить заливку
источник:
http://blog.qnotemedia.com/?p=237