[wvxvw]

Смотрите, если вы не встроите флешку в HTML, то вариант взаимодействия с JavaScript у вас всего 1 - AIR и загружать HTML + JavaScript во Флеш... ну или через сторонние программы, например, положить актив-Х на форму .NET и из этой формы уже общаться с HTMLем...
Возможно ли хранить кукис в AIR приложении - я чесно не знаю, но есть шанс, что возможно... надо пробовать.

В принципе, если у пользователя установлен автономный плеер (вероятность ничтожно мала), то флешку можно отобразить и без участия HTML в браузере... но, я думаю, что такой вариант не рассматривается... И, я чесно не знаю, на сколько в таком режиме флеш сможет взаимодействовать с окружением, но, скорее всего не будет взаимодействовать никак...