[iflamberg]

а нет, я был неправ. z-уровень можно указывать для флешки, если wmode=transparent, так же, как и для wmode=opaque.
Ну, тогда, все что вам нужно - это указать в стиле для флешки более низкий z-index, чем для блока с линками, который должен быть поверх нее и сделать бэкграунд блока с линками пустым.