Таймер - не рационально.
Но вспомнил про updateAfterFrame. Так что вот так работает как надо:

Код AS3:
import flash.events.*;
Mouse.hide();
function test (MouseEvent){
cursor.x=mouseX;
cursor.y=mouseY;
MouseEvent.updateAfterEvent();
}
stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_MOVE, test);