ну наверное контейнер, который сейчас надо показать поверх всех надо просто addChild() на stage.
а если походу начинают добавляться новые объекты и перекрывают этот контейнер, то просто заготовить всю сцену по схеме:
Код AS3:
stage.addChild(Контейнер_для_всего_остального);
stage.addChild(Контейнер_для_самого_верхнего_контейнера);
и пользоваться! рисовать в первом контейнере, а всякие pop-up кидать во второй