[Яски]

1. Читаю все доступные описания работы кода
2. Досконально вычитываю весь код, запоминаю какие классы за что отвечают, пытаюсь построить зависимости в голове.
3. Запускаю программу на выполнение в пошаговом режиме, запоминаю последовательность действий на разные события.

Не сказал бы, что это самый эффективный способ, но для меня он работает хорошо. Сейчас как раз изучаю исходники одного очень большого проекта.