Хммм... что-то опять не встало!
Я так понял, создаем DIV и вставляем в него swf:
<div>
<object width="100%" height="100%">
<param name="movie" value="clip.swf">
<param name="BGCOLOR" value="#000000">
<param name="wmode" value="opaque">
<embed src="clip.swf" width="100%" height="100%" quality="high" wmode="opaque" type="application/x-shockwave-flash" bgcolor="#000000"></embed>
</object>
</div>
Результат - сначала клип, а потом (под ним) страница, а не клип под страницей.