[kackbip]

Первый вариант. Предполагаю, что вы выбираете файл на локальном диске с помощью FileReference.browse()
затем загружаете его во флэшку с помощью FileReference.load()
Значит вам доступно свойство FileReference.data
После того как вы отредактировали картинку, полученную битмапу можно записать в FileReference.data, только не так FileReference.data = byteArray, а так FileReference.data.writeBytes, а потом воспользоваться FileReference.upload, а FileReference при аплоаде генерирует событие ProgressEvent
Сам таким методом не пользовался, но может сработать.
---
Второй вариант, это серверный скрипт, который бы возвращал текущий прогресс аплоада(как это сделано на яндекс видео). Нужно будет в процессе аплоада периодически спрашивать у него о прогрессе.