http://www.adobe.com/support/flash/downloads.html
Идем сюда и ставим:
- апдейт CS3 до 9.0.2
- апдейт CS3 с AIR 1.0
- апдейт CS3 с AIR 1.1
По логике, разрабатывать сейчас имеет смысл под AIR 1.5, который официально поддерживается только во Flash CS4. По результатам поисков можно найти информацию о том, что с помощью танцев с бубном удается заставить работать 1.5 под CS3. Но не думаю что это стоит того.
Когда обновления будут установлены, появится опция создания Flash File(AIR), и AIR появится в списке доступных вариантов компиляции в Publish Settings