[mooncar]

Ну так напишите загружаемый скрипт JS, и используйте для вызова его функций во флеше метод ExternalInterface.call, все это есть.

Добавлено через 2 минуты
Автору топика - можно попробовать сделать swf-ки, где определить переменные и нужные функции и логику выполнения также через функции, и подгружать их в нужных местах оснвного ролика.
Конечно, серьезный минус - немозможность исправить код на лету, нужна компиляция...