Эм... а play() использовали?))
Хотя, помню была похожая проблема. Времени детально заняться её изучением не было, в голову пришло не изящное, но тем не менее работающее решение - просто перекрыть stop другой ф-цией.
Например, после нажатия на кнопку применить
Код AS3:
addFrameScript(40,function(){});