Руками
Накладывали маску.
Есть ещё один спрособ, я о нём слышал, дескать в автeр эффиксе есть плагин который отрисовывает таким эффектом, можно покадрово оттуда взять. (ну у нас на TV точно юзали в рекламе и я на 99% уверен что там руками не рисовали).
Но что касается вашего сайта, то там всё руками делали и маской