[Ales Protiv]

На сколько я понимаю, вопрос не о паттерне MVC, а об архитектуре приложений.
С клиентом и БД всё понятно. Со средним звеном варианты примерно следующие:
1. Всё что угодно, на чем можно написать HTTP или WEB сервисы: php, java, .net, ...
В этом случае на стороне Flex нужно будет пользоваться соответсвующими объектами HTTPService или WebService.
2. Использовать какой-нибудь framework поддерживающий AMF3: LCDS (Blaze DS), Granite DS, AMFPHP ...