госпади .. да смотрите же что пишите.
с каких пор в FileReference лежит ByteArrayAsset?
откуда у класса ByteArray метод upload?
я такой фигнёй никогда не занимался, но код, должен быть типа такого:
Код AS3:
function upload(file:FileReference):void {
var part:ByteArray = new ByteArray();
file.data.readBytes( part, 0, 1000 );
var request:URLRequest = new URLRequest( 'save-file.php' );
request.method = URLRequestMethod.POST;
request.data = part;
file.upload( request );
}