[Kennysp]

__etc, да вы правы.
Все заработало.
Опишу что нужно было сделать, может кому поможет в будущем =)

Во-первых надо было сделать addChild:

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml" layout="absolute" applicationComplete="initApp()">
	
	<mx:Script>
		<![CDATA[					
			import mainClass;
			public function initApp():void{				
				var tmp = new mainClass();
                                this.addChild(tmp);
			}
			
		]]>
	</mx:Script>
	
</mx:Application>

Во-вторых класс должен быть наследником UIComponent, ну и действительно надо дождаться ADDED_TO_STAGE:

package
{
	import mx.core.UIComponent;	
	import mx.events.FlexEvent;
	import mx.core.Application;
 
 	import flash.events.Event;
 	import flash.display.Sprite;
 	import flash.display.MovieClip;
 
	public class mainClass extends UIComponent {
 
		public mainClass Component() {
			this.addEventListener( Event.ADDED_TO_STAGE , init );		
		}
 
		private function init( event:Event ) : void{
			trace( this , "init called" , stage );
			var spr: Sprite = new Sprite();
			spr.graphics.beginFill(0xFF0000);			
			spr.graphics.beginFill(0x00FF00, 100);
			spr.graphics.lineStyle(1, 0x000000, 100);
			spr.graphics.moveTo(200, 200);
			spr.graphics.lineTo(200, 300);
			spr.graphics.lineTo(300, 300);
			spr.graphics.lineTo(300, 200);			
			var mc: MovieClip = new MovieClip;
			mc.addChild(spr);
			stage.addChild(mc); 
		}
 
	}
}

PS Спасибо всем откликнувшимся