[rukez]

1) в билдере:
file->new->flex project
в появившемся окне нового проекта поставить галку на "Desktop application (runs Adobe AIR)
ну и далее как с обычным проектом
2) mx.core.WindowedApplication это базовый класс для AIR, обычным флексом не используется т.е. для его использования нужно создать AIR проект (как описано выше) либо подключить отдельно в свойствах флексового проекта

Добавлено через 4 минуты
п.с., по пункту два - в теории можно попробовать сменить корневые теги самого mxlm файла приложения с mx:Application на mx:WindowedApplication вроде билдер достаточно умён чтоб остальное сделать самостоятельно ;-)