Вы всё не правильно делаете.
Используйте RemoteObject + BlazeDS.
Это очень простое и удобное решение.
Во флексе будете дёргать свои Java - функции, как будтно вы в NetBeans.
Многие ошибочно полагают, что это сложно. Это самый простой метод. Всё равно рано или поздно вы это поймёте. Все через это проходят.
Serializing between AS and Java