Я обычно так работаю: из fla экспортирую символы в swc, добавляю их в библиотеки проекта (FD) и работаю и компилирую в нем. Чтобы скомпилировать из Flash IDE просто делаю главный класс проекта документ классом fla и все. Ну конечно указав папку с классами в настройках публикации. Подробнее:
AS3:FlexAndFlashCS3Workflow
swc+flash+cs3