[AL.exe]

Ни разу не встречал подобных проблем.

А как у вас может не совпасть расположение файлов? Subversion всего лишь создает скрытые папки, она ничего у вас не перемещает и не переименовывает сама. Если честно, не понимаю, как возникла проблема.

Какой клиент SVN используете?