хм, всетаки относительно того места откуда загружена флешка.
Указал путь до либы относительно корня и все заработало. Что не есть хорошо
Код AS3:
loader.load(new URLRequest("files\atom\atom_images.swf"));
Хотя т.к. это всетаки url то вполне логично, других способов подрузить swf нет?