Потому что у Вас все клипы начинают с координат (0,0). Вы задаёте координаты вложенным фигурам а не клипам.
И вообще, лучше так не писать. Если вам необходимо что-то рисовать - рисуёте прямо у клипа, зачем для этого создавать Shape. Если Вам не нужны кадры анимации, то используйте Sprite, а не MovieClip (или тот же Shape, если нету вложенных клипов).
Так должно работать:
Код AS3:
package
{
import flash.display.Shape;
import flash.events.Event;
public class Ball extends Shape
{
public function Ball(radius:Number):void
{
graphics.beginFill(0xFF6666);
graphics.drawCircle(0, 0, radius);
graphics.endFill();
x = Math.random() * 550;
y = - Math.random() * 100;
addEventListener(Event.ENTER_FRAME, moveBall);
}
private function moveBall(event:Event):void
{
y += height;
if (y > 400)
y = 0;
}
}
}