Можно, только без FLA =) Для этого лучше всего подойдет mxmlc компилятор имеющий место быть во Flex SDK, кроме того, есть еще и такая вещь как XML_MXML PEAR library, которая позволяет генерить MXML с помощью PHP. Т.е. процесс может выглядеть следующим образом:
PHP получил запрос, по которому нужно сгенерить флешку, вы, руководствуясь одной только вам известной логикой генерите MXML
и билд файл, запускаете компилятор и в конце концов отдаете флешку тому, кто ее попросил =)