ну если предположить, что при желании открыть пдф нам не так уж нужен фулскрин уже - его можно принудительно сбрасывать перед запуском файла самочтоятельно.
В таком случае нужно только наладить, по возможности, чтоб диалог окно было над окном флеша.
+
ха, или чтоб flrun.exe запускала альтернативный error.exe с пояcнительным текстом, который благополучно откроется поверх фулскрина
