Тут 2 варианта:
1) Загружать все файлы отдельно, в них прописать Document class.
Затем через applicationDomain получить доступ к Document class и создавать нужное число экземпляров.
2) Все swf запихнуть в библиотеку одного файла, прописать им Linkage. Загрузить этот файл swf. Далее то же самое.
Все это конечно актуально если у Вас есть доступ к исходникам
