Мне кажется, что у вас вес одной секунды считается, как audiodatarate+videodatarate байт(килобайт?). Делите это на framerate, получаете вес одного кадра. Делаете округление байтовой позиции по этому значению и передаете скрипту округленное значение.
Если это не поможет, тогда я не знаю =)
UPD Поищите по поводу flvmdi. Этот софт позволяет добавлять flv-шкам в событие onMetaData массивы с позициями кейфреймов.
Именно так все реализовано на флешкомгуру, куда вы давали
ссылку.