[iNils]

Слишком мало вопросов в конце предложения поставили, 3 мало, надо штук 10.
Пишите скрипт на JSFL, который проходит 2 заданных fla файла, заметьте fla, а не буфер обмена и собирает структуру папок и символов в их библиотеках, потом сравнивает и находит совпадения.
Но обычно просто создают новую папку с именем которого нет в целевой библиотеке, туда помещают все содержимое библиотеки, а потом копируют. Эта папка обеспечивает уникальность связки папки+символы.