А зачем скринсэйверу иконка в трее?
App Icon - задает иконку самого файла приложения, в вашем случае файла .scr.
Вобщем-то, проблем тут не возникает. Иконка, ксати может быть указана по размеру произвольно - цинк сам компилирует недостающие иконки, ну те, которые отображают файлы в проводнике в разных режимах: Мелкие значки, Крупные значки...
Сетап скринсэйвера сводится к помещению .scr в папку
%SystemDir%\system32. Вообще, можно изготовить свой инсталлятор для такого простого действа. Но инсталлятор в цинке делается немного для другого рода приложений, а именно для .exe, и сценарий установки в инсталлятор запихивается неподходящий: создается папка в Program Files (впрочем у юзера тут есть выбор), в нее распаковывается приложение с сопутствующими файлами и пр. Для скринсэйвера это неподходяще.
Если же говорить про иконку именно инсталлятора, то она в цинке просто-напросто НЕ НАЗНАЧАЕТСЯ, используется стандартная win-иконка для инсталляторов, без вариантов.
Если вы умеете пользоваться программами вроде ResHacker (см. также аналоги), вы без особых усилий сможете поменять иконку на свою, хоть у .scr, хоть у инсталлятора, хоть у кого угодно.
Создание собственных инсталляторов опционально ограничено в цинке. Но можно, при желании опять же, использовать ПО с более широкими возможностями для создания инсталляционных пакетов. Из бесплатных NSIS, Inno Setup.