Я так думаю, что если использовать swfobject, а его обычно вызывают из javascript, хотя swfobject второй версии можно и без javascript вызывать.
В общем если расположить javascript в конце страницы, то естественно, что он выполнится только после того как загрузился текст страницы.
Вот классные примеры
http://www.swffix.org/swfobject/generator/
можно и так
http://www.swffix.org/swfobject